אגודת הידידות ישראל-יפן הוקמה ארבע שנים לאחר הקמת היחסים הדיפלומטיים בין המדינות, בשנת 1956.
בין המייסדים והיו"ר הראשונים של אגודת הידידות היו מר משה בז'רנו, איש עסקים ודיפלומט, ומר ק. קוסברג. בנוסף, מר רם סלומון, עורך דין, שחיבר את חוקי אגודת הידידות.
במהלך השנים, יחד עם הרחבת קשרי התרבות ופיתוח קשרי מסחר בין שתי המדינות, הותאם החוק של אגודת הידידות בהתאמה כדי להקל על צרכים חדשים, והוקמה לשכת המסחר ישראל-יפן.
אגודת הידידות ישראל-יפן פועלת כחלק מאגודת הידידות ישראל-יפן ולשכת המסחר, והיא ארגון ללא מטרות רווח, המחזיק ביעדים לעידוד הידע בנוגע להיבטים התרבותיים של יפן בקרב ישראלים.
החברות בלשכת המסחר ישראל-יפן ממונה בעיקר כלפי חברות ועסקים הקשורים לעסקים ויזמים העוסקים או מעוניינים בקשרי מסחר עם יפן.
מצד שני, החברות באגודת הידידות ישראל-יפן פתוחה לכל מי שמתעניין ביפן ובתרבותה. בין החברים שמתעניינים בנושאים שונים של התרבות היפנית נמנים אמנים, חוקרים ואזרחים ישראלים.
אגודת הידידות פועלת בתחומים שונים וביניהם:
- קידום מעורבות מדעית והבנה כללית של התרבות היפנית בישראל
- פיתוח קשרים חברתיים ותרבותיים בין ישראל ויפן
- אירוח אירועים הקשורים לתרבות יפנית, כגון סרטים, הרצאות, תערוכות וסדנאות
- שימור וקידום התקשורת עם מוסדות התרבות ביפן
- חיבור בין חוקרים יפנים וישראלים, אמנים ובעלי עניין אחרים
- הפקת הרצאות קשורות ביפן בציבור הפתוח בשיתוף שגרירות יפן בישראל ("שישגרירות", כלומר, יום שישי בשגרירות)
- הקלה ותחזוקה של אתר עברי המשמש כסיוע ללימודי יפן www.japangeo.org.il